Что произойдёт после обновления при использовании зашифрованные диски .cpgv?

Контейнер .cpgv подключается как виртуальный диск. Отключайте его штатно и держите резервную копию самого контейнера на другом носителе. Перед обновлением сделайте копию важных данных, затем проверьте один объект в новой версии до массовой работы.